根据协会章程设立会员代表大会、理事会、常务理事会、监事会、秘书处等，并采用1+N的架构，即1个总会下设猪业、禽业、奶业、蜂业、羊业、兔业、屠宰、饲料与动物保健品、畜禽废弃物无害化处理与资源化利用等9个专业分会。

1.会员代表大会。协会的最高权力机构，负责制定和修改协会章程、会费管理办法，选举和罢免理事、监事，审议理事会工作报告、财务报告及监事会工作报告，决定协会工作目标、发展规划等重大事项，决定协会终止事宜。

2.理事会。理事会是协会的执行机构，负责筹备召开会员大会，选举和罢免常务理事、负责人，制定协会发展规划、重大事项决策、管理制度建设等。理事会在会员代表大会闭会期间领导协会开展工作，人员组成应充分考虑到各畜种、各专业的代表性。

3.常务理事会。理事会闭会期间由常务理事会领导协会开展工作。

4.监事会。对协会工作进行监督。列席理事会、常务理事会，并对决议事项提出质询或建议；对理事、常务理事、负责人执行协会决议的行为进行监督；对损害本协会利益的行为，要求其及时予以纠正；对严重违反法律法规、协会章程或者会员代表大会决议的人员提出依程序罢免的建议等。

5.专业分会。根据省级畜牧行业协会整合优化总体方案要求，在保留原有羊业分会、兔业分会的基础上，将原浙江省养猪行业协会、浙江省家禽业协会、浙江省奶牛业协会、浙江省蜜蜂产业协会、浙江省肉类协会、浙江省饲料与动物保健品协会、浙江省畜禽废弃物无害化处理与资源化利用协会共7家省级行业协会整体转入总会，并相应设立猪业分会、禽业分会、奶业分会、蜂业分会、屠宰分会、饲料与动物保健品分会、畜禽废弃物无害化处理与资源化利用分会。

6.秘书处。秘书处为协会的日常办事机构，在秘书长的领导下按计划组织实施协会年度工作任务。